此次考察，6月9日-14日进行通天河及金沙江上游科考，6月15日-18日进行金沙江中下游科考，6月19-20日进行赤水河流域科考。

　　在通天河、结古河汇流处鱼类资源调查采样获得3种鱼类样本，其中土著种裸腹叶须鱼1种共5尾，在数量上占优势；外来种2种，分别为鲤1尾、鲫2尾。外来种个体优势明显，其中鲤个体比土著鱼大3-4倍。

　　长江第一湾石鼓江段历史上可以获取大部分上游水生生物物种样品，但此次科考队请两位专业渔民经过一个上午多次采样，最终仅获得3种共5尾鱼类样本，包括四川裂腹鱼2尾、青石爬鮡2尾和犁头鳅1尾，与历史资料相比该江段渔业资源呈明显衰退迹象。

　　此前中科院水生所等多家科研机构的长期监测数据表明，长江中的“四大家鱼”鱼苗发生量急剧下降，由上世纪50年代的300多亿尾降为目前的不足1亿尾。

　　金沙江流域历史监测到鱼类有143种，而此次科考三次鱼类资源采样仅仅发现17种鱼类样本，其中还有三种外来物种，其种类、数量和个体大小均较土著鱼种表现出较强的优势性。

　　赤水河是长江流域生态系统保持比较完整的一个支流，河水环境质量总体保持良好，污染和破坏相对较轻，水环境主要压力来自沿河工农业生产和城市生活排放。科考发现，随着流域经济发展步伐加快、人口数量的增加，流域生态环境呈现逐年退化和被破坏的趋势，局部河段甚至被严重污染，比如赤水河茅台镇河段水质，对照地表水环境质量标准（GB3838-2002），砷、铅等污染明显，必须予以重视。

　　专家表示，众多酒业集团的进驻彻底改变了局部河段的沿岸生态。赤水河沿岸以酒产业为代表的密集式开发建设甚至彻底改变了局部河段的沿岸土地利用，生态环境破坏严重，修复任务艰巨。